原因はいろいろと考えられるのですが、多分設定ミス（と言うか、設定読み込みミス）なのではないかと思います。
設定がいろいろと増えたせいで、少し分かりづらくなっているからだと思います。
で、最新表示の仕組みを説明すると、
/nik/log/nik.log
内に保存してあるLOGを読み込みます。
このときの保存数は
管理画面の[記事]-「最新記事保存数」の設定数です。
そして、TOPで最新表示の設定は
[表示]-「最新ログ数」
になります。
注意：TOP記事表示や、時刻指定をしていると最新記事表示数と合わない場合があります
あと、nik.logを見させていただいたのですが、日付が前後しているところがあるので、多分 [表示]-「最新ログの表示順」が「書き込み順」になっている可能性があります。
バージョンアップした際、設定を増やしているため、管理上では正常に見えていても、実際日記では正しく読み取っていない状況もあります。
このようなことがあるため、管理データを変更した際は、できるだけ、設定を上書きしてください。（多分大丈夫だと思うのですが、念のため）
とりあえず結論としては、設定画面を開き、各設定を確認し、保存する（変更がなくても）。
で、様子を見てください。
これでも変な動作をする場合は多分バグです。
でも個人的に私が運営している日記は正常に動いてるので大丈夫だと思います。
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